Университет Фудань состоит из 17 институтов и 69 факультетов. Ведётся обучение по 73 бакалаврским специальностям, 156 магистерским и 201 докторантской специальностям. Также в состав университета входят 7 исследовательских центров социальных наук, 9 исследовательских центров фундаментальных наук. Университет реализует около 40 государственных программ Министерства образования КНР. В настоящее время структуры университета в общей сложности охватывают 77 исследовательских институтов, 112 междисциплинарных институтов и 5 научных лабораторий.
Ежегодно в университет поступает более 45 000 студентов и аспирантов, включая студентов, обучающихся по программам дистанционного обучения. Кроме того, в университете обучается порядка 1800 иностранных студентов.
Университет имеет высококвалифицированный преподавательский состав, состоящий из более 2400 преподавателей, включая 1350 профессоров и 30 академиков Академии наук Китая и Китайской инженерной академии.
Кроме того, в состав университета входят 10 госпиталей, таких как Чжуншаньский и Хуашаньский госпитали, которые предоставляют медицинские услуги населению и на базе которых ведётся обучение студентов медицинских специальностей университета.
Университет Фудань состоит из 4 кампусов — Ханьдань (邯鄲), Фэнлинь (楓林), Чжанцзян (張江) и Цзянвань (江灣). Все четыре кампуса расположены в центре Шанхая.